Para torna-las independente elas tem ser uma instância para cada, ou seja, um endereço para cada.
O que pode ser feito e 'ativar' as preferências do sistema:
1) IndependentBranches = impede que os funcionários (mas não administradores do sistema) de modificar objetos (reservas, exemplares, usuários etc.) que pertencem a outras bibliotecas, ou seja, o funcionário da Biblioteca X pode apenas realizar ações da Biblioteca X
2) IndependentBranchesPatronModifications = previne que a equipe (mas não super bibliotecários) de visualizar e aprovar/negar pedidos de modificação usuários se ele pertencer as outras bibliotecas.
Mas a vantagem de se ter a mesma instancia para todas as bibliotecas é que a colaboração na catalogação, o mesmo registro vale para todas as bibliotecas.
Outra opção é criar regras de circulação que limitam o usuário, por exemplo, o usuário da Biblioteca X pode realizar empréstimo apenas na Biblioteca X. Cada biblioteca pode ter sua própria regra de circulação.
