Bom dia Adriano,
Apenas certificando, seu banco de dados é o postgres, correto? Este patch que você comentou é para o postgres …para corrigir a questão do seria_id e outras pequenas coisinha.
Vou tentar passar minha longa experiência de instalação (desde 2002 usando o ojs), mas não sou da equipe de desenvolvimento OJS, ok?
Faça tudo em uma base limpa, para não perder nada o antigo:
Você tem que fazer um dump da base antiga (guarda ela)
Entre na pasta do ojs que descompactou, aplica antes o patch, copia o config.inc.php da versão antiga, bem como toda a pasta public, para a nova e mude o parâmetro de Installed = On para Off
Mude os parâmetros de usuário, senha, nome do banco novo neste arquivo para não alterar a base em produção.
Crie uma pasta para submissions, com permissões de escrita para www:www, copie tudo da pasta submissions antiga para ela (cp não resolve) faz um tar -cvzf e depois um tar -xvzf para a nova pasta
Copie a pasta public do ojs antigo para o novo:
cp -R public …/ojs-3.0.2/
Crie um banco novo, restaure do dump que fez do banco em produção
Faça um upgrade para a nova versão:
ojs-3.0.2 # php tools/upgrade.php upgrade
No meu caso, veio tudo ok, entrei na interface administrativa, estavam todos lá, inclusive submissões ainda não encaminhadas.
Caso dê algum problema com as tabelas, cria uma instalação limpa, faz um dump desta instalação, depois faz toda a instalação como anteriormente comentei, depois voltaria este sql da instalação limpara para corrigir possíveis tabelas faltantes
Instalação limpa:
php tools/install.php (siga o modo guiado)
Faça um dump deste banco limpo que criou.
Acesso o banco novo, faça um restore do banco antigo para o novo
psql seerojsdbnew
$\i Backup-seerojsdatabase-27-04-2017-02:00:00.sql
Lembra do dump do banco novo? Depois de restaurado todos os dados do banco antigo, volte ele pois tem algumas tabelas que no antigo não trazem (provavelmente estas que você questiona)
Vai dar um monte de error de chaves duplicadas (é assim mesmo).
Não sei se ajudei muito, mas tenta aí e depois retorna.
Abraços
Augusto Torres
Analista de Suporte Computacional
CLE/UNICAMP