Utilização de Javascript no Source Code ou de alguma outra forma

Preciso fazer uma construção com um layout que necessita de javascript, tem alguma forma de utilizar o mesmo dentro ?, quando tento utilizar ele nas configurações do site na parte do source code, ele não aceita

Tem alguma forma também de subir um zip com um projeto? como em uma hospedagem?, mandando arquivo html?

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O ideal neste caso é você desenvolver um plugin de tema.

Aqui você pode encontrar a documentação oficial:
https://docs.pkp.sfu.ca/pkp-theming-guide/en/

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Vou dar uma olhada na documentação, muito obrigado Diego